Theo Nghị định, quy trình thực hiện dự án BT được quy định cụ thể tùy theo nguồn thanh toán và thẩm quyền phê duyệt của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Đối với dự án thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội, quy trình gồm ba bước chính: Lập, thẩm định báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, trình Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư; Lập, thẩm định báo cáo nghiên cứu khả thi, phê duyệt dự án; Lựa chọn nhà đầu tư; lập, thẩm định, phê duyệt thiết kế kỹ thuật (trong trường hợp thiết kế ba bước) hoặc thiết kế bản vẽ thi công (trong trường hợp thiết kế hai bước) và dự toán; ký kết và thực hiện hợp đồng dự án. 

Đối với dự án BT thanh toán bằng ngân sách nhà nước hoặc kết hợp quỹ đất và ngân sách, quy trình bao gồm: lập và quyết định chủ trương đầu tư, phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc báo cáo kinh tế - kỹ thuật, sau đó tiến hành lựa chọn nhà đầu tư, thẩm định thiết kế – dự toán và ký kết hợp đồng.

Đối với các dự án BT được thanh toán bằng ngân sách nhà nước hoặc kết hợp giữa quỹ đất và ngân sách nhà nước (trừ các trường hợp quy định tại khoản 1 và khoản 4 của Nghị định), quy trình thực hiện được triển khai theo các bước: Lập, thẩm định báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư, quyết định chủ trương đầu tư; Lập, thẩm định báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng đối với dự án BT thuộc trường hợp lập báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng; phê duyệt dự án; Lựa chọn nhà đầu tư; lập, thẩm định, phê duyệt thiết kế kỹ thuật (trong trường hợp thiết kế ba bước) hoặc thiết kế bản vẽ thi công (trong trường hợp thiết kế hai bước) và dự toán; ký kết và thực hiện hợp đồng dự án. 

Đối với dự án BT thanh toán bằng quỹ đất, trừ dự án quy định tại khoản 1 và khoản 4, quy trình thực hiện như sau: Lập, thẩm định báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng đối với dự án BT thuộc trường hợp lập báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng; phê duyệt dự án; Lựa chọn nhà đầu tư; lập, thẩm định, phê duyệt thiết kế kỹ thuật (trong trường hợp thiết kế ba bước) hoặc thiết kế bản vẽ thi công (trong trường hợp thiết kế hai bước) và dự toán; ký kết và thực hiện hợp đồng dự án.  

Bên cạnh đó, Nghị định cũng quy định rõ các hình thức lựa chọn nhà đầu tư và trường hợp được chỉ định nhà đầu tư thực hiện dự án BT gồm: Đấu thầu rộng rãi; Đàm phán cạnh tranh; Chỉ định nhà đầu tư; Lựa chọn nhà đầu tư trong trường hợp đặc biệt theo quy định của Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư.

Cơ quan có thẩm quyền quyết định áp dụng một trong các hình thức lựa chọn nhà đầu tư nêu trên, bảo đảm lựa chọn được nhà đầu tư có đủ năng lực thực hiện dự án BT đáp ứng yêu cầu về tiến độ, chất lượng và hiệu quả đầu tư dự án.